| *整合资源提升创新实力
为推进创建世界一流研究所的发展规划，大连化物所对科研机构进行了调整。根据学科的统一规划和学科调整的要求，撤销原色谱分析开放实验室和生化工程研究室，组建航天催化与新材料研究室和生物技术研究部，学科研究方向得到进一步凝炼，研究队伍整体实力进一步提升。
成立生物技术研究部。明确药物生物技术、能源与环境生物技术、材料生物技术、工业生物技术和生物信息学等为学科发展重点。
筹建燃料电池及氢源技术国家工程研究中心。2003年底，以大连化物所为依托单位的“中国科学院燃料电池及氢源技术工程研究中心”获准成立。2004年在国家第一批振兴东北老工业基地高技术产业发展专项计划中，“燃料电池及氢源技术国家工程研究中心（筹）”获得批准。
建立BP中国研究中心。以大连化物所为基地，中科院与世界第二大石油公司英国BP国际有限公司于2002年联合建立了“BP—中国研究中心”。双方在天然气、氢能领域开展为期10年的基础性研究，BP公司出资1000万美元开展研究工作。
组织申报大连洁净能源国家实验室。面向国家能源洁净、安全和可持续发展的需求，在原有学科的基础上，聚焦化学能源转化和利用技术，前瞻太阳光能和生物质能源技术，发展化学及生物科学和技术，开展化石能源优化利用、新能源与替代能源、可再生能源、能源生态环境和特种能源技术的研究与开发，同时开展相关的科学基础研究和能源战略研究，为我国的能源系统从高碳的化石能源优化利用到洁净高效的低碳经济，直至理想的无碳经济的转化和过渡提供基础和技术支撑。
*科技创新研究成果显著
创新工程实施6年来，科技工作不断取得新突破。共获得国家级奖励3项，其中国家自然科学奖二等奖1项、国家技术发明奖二等奖2项、省部级一等奖12项。
在基础研究方面，首次发现新的物质波干涉现象，入选“2000年中国十大科技进展”。“反应控制相转移催化用于环己烯氧化制环氧环己烷”继在2001年Science上发表后，该项创新性成果已完成工业性试验。“反应过渡态动力学研究”先后在2002年Nature上和2003年Science上发表。催化手性合成、列阵芯片检测、催化过程的原位表征等方面也取得了较大的进展。重大科研项目全面取得突破，包括燃料电池与氢源技术、天然气石油化工若干集成技术、航天新材料技术与工艺、烃类催化选择氧化和生物技术等，其中“973”项目“天然气、煤层气优化利用的催化基础”在高效利用气态碳资源方面取得突破性进展；波长连续可调紫外共振拉曼光谱仪和氢原子里德堡态飞渡时间谱装置按期研制成功，在科研中发挥了重要作用。
催化基础国家重点实验室在科技部、国家自然科学基金委员会组织的2004年度化学科学领域的国家、部门重点实验室评估中，被评为“优秀类实验室”。在催化基础研究方面的一些工作处于国际领先地位，如催化新反应、催化新材料和新表征研究等。特别是在甲烷无氧芳构化、催化的紫外共振拉曼光谱研究、无机膜材料及其膜催化、工业应用催化、航天催化方面取得重要成果。
*以人为本队伍结构优化
科技的根本在人才。近几年，大连化物所想方设法培养和引进科技人才、优化科研队伍、不断充实加强研究力量。从台湾原分所引进杨学明教授担任分子反应动力学国家重点实验室主任，并担任“973”项目“化学反应的本质与选控”首席科学家；聘请上海生命研究中心杨胜利院士担任生物技术研究部主任，规划化物所生物研究发展战略；引进新加坡国立大学张东辉教授担任理论与计算化学研究中心主任。
引进和组建青年研究团队。由张华民、孙公权、程谟杰、明平文等研究员组成的燃料电池青年研究团队承担了“863”电动汽车专项和中科院知识创新工程重大项目“大功率质子交换膜燃料电池发动机”等课题，做出了卓有成效的工作。
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